Wesentlich öfter als die akute Infektion, kommt bei Immungeschwächten die Reaktivierung, einer im Hintergrund vorhandenen Toxoplasmainfektion vor. Die Zysten von T.-gondii befinden sich vor allem im zentralen Nervensystem. Daher ist die Toxoplasmose im Gehirn bei Weitem am häufigsten. Die Symptome hängen vom Ort des Herdes im Gehirn ab. Beim Befall des motorischen Zentrums kann das eine halbseitige Lähmung zur Folge haben. Ein betroffenes Frontalhirn hingegen bewirkt eine verstärkte Aggressivität. Oftmals lassen sich nur vereinzelte Herde im Stammhirnbereich ausmachen. In der medizinischen Bildgebung sprechen verdächtige Herde, wenn sie eine verzögerte, randbetonte Kontrastmittelverstärkung aufweisen für eine Toxoplasmose. Klassische Symptome bei einer Gehirnentzündung sind neurologische Störungen wie z. B. Krampfanfälle.

Die plötzliche, schwerwiegende & über den Körper ausgedehnte Form der Toxoplasmose kommt fast nur bei AIDS, onkologischer Vorerkrankung mit Chemotherapie & Transplantatempfängern vor. Bei dieser medizinisch als fulminant disseminiert bezeichnete Form, handelt es sich meistens um die Reaktivierung einer bereits im Hintergrund vorhandenen Infektion, verursacht durch eine im Gehirn befindliche Zyste. Das Leitsymptom ist eine Gehirnentzündung, an der mehr als 28 % der HIV-Infizierten im AIDS-Stadium mit IgG-Titern erkranken. Diese gehirntoxoplasmose manifestiert sich meistens mit Fieber.

Bei Immungeschwächten mit anderen Ursachen erfolgt eine über den ganzen Körper ausgedehnte Infektion durch die Reaktivierung von Zysten in Muskulatur, Niere oder anderen Körpergeweben.